Há dúvidas quanto à origem do nome da cidade, alguns estudiosos afirmam que a expressão " São Sebastião" foi devido à exigência de uma capela, erguida por uma família feita em homenagem ao Santo. A opinião mais aceita é que a palavra Passé deriva da existência de indígenas remanescente da tribo (Aruaque dos Passes), originários da região sita entre os rios amazonenses Negro e Icã, espalhados por alguns pontos do Brasil.

A tradição oral refere-se a certo riacho "Passé" sem registro, contudo, nas fontes escritas de pesquisas.

Sabe-se que a Igreja Católica teve uma participação decisiva na formação das maiorias das cidades brasileiras, As primeiras notícias oficias de São Sebastião do Passé também derivem da fé cristã através de Alvará Régio, dotado de 11 de abril de 1718, e assim foi criado freguesia de São Sebastião do Passé, nesta época registrava-se uma população de 2.600 habitantes, contando ainda oito engenhos, quatro capelas (uma principal e três filiais).

Até 1926, São Sebastião do Passé era considerado distrito do município São Francisco do Conde, a sua independência ocorreu decorrente da amizade que havia entre o coronel Luís Ventura Esteves, um importante político local, e o governador da época, Francisco Marques de Góis Calmon.